Im Jahr 2000 kam P. Adrian Kunert SJ nach Wien und gründete einen Singkreis, der unter anderem auch Lieder aus dem charismatischem Umfeld sang.

2002 fuhren die ersten beiden Lainzer Jugendlichen mit auf ein JUMP, das jährliche Festival der JCE Deutschland. Kurze Zeit darauf kristallisierte sich aus dem Singkreis die Lobpreisband aquaviva heraus und die PRAYSTATION, das charismatische Jugendgebet in Lainz, entstand. Es begannen Jugendwochenenden, ein Jugendglaubenskurs (LAD) und ein regelmäßiger Gebetskreis (projekt:samuel).
Regelmäßige Schulungen in Deutschland und Teilnahmen an den folgenden JUMPs bzw. an Konferenzen der Erwachsenen CE blieben stets Tankstellen um die geistlichen Ressourcen immer wieder neu aufzufüllen. Mittlerweile nahmen auch erste Kontakte zu anderen charismatischen Jugendgruppen in Wien und Umgebung ihren Anfang.

Durch die offizielle Beauftragung durch die CE Wien im Jahr 2005 wurde unsere Gruppe zur JCE Wien. Im August 2006 verließ P. Kunert Wien. Zwischen 2006 und Herbst 2009 lag die Leitung der JCE Wien bei Ruth Brozek und Anton Svoboda. Seit dem 3 monatigen Auslandsaufnethalt von Anton im Wintersemester 2009 ist die Leitung im Zuge einer generellen Umstrukturierung zur Gänze an Ruth übergeben worden.

2007 begann im Rahmen einer Leiterschaftsschulung durch XPand Asutria die Zusammenarbeit mit der Jugendgruppe die13 aus Wieselburg. HOLY SP'RIT, das Jugendprgramm während der "Frei-Zeit mit Jesus" im Sommer 2009, war das erste gemeinsame Event, das aus dieser Zusammenarbeit entstand.

Es fühlen sich zur Zeit ca. 20 Leute zur JCE Wien zugehörig.